Το Ταμείο Δ.Δ.Π.Δασών είναι οργανωμένο σε τρεις διοικητικές μονάδες. Την Κεντρική Διοίκηση με έδρα την Θεσσαλονίκη και τα δύο Πανεπιστημιακά Δάση (Περτουλίου και Ταξιάρχη).

Η Κεντρική Διοίκηση διοικεί και οργανώνει τα δύο Πανεπιστημιακά Δάση (Περτουλίου και Ταξιάρχη). Επιπλέον, μεριμνά όπως όλες οι αποφάσεις των οργάνων διοίκησης (Διοικητικό Συμβούλιο, Γενική Συνέλευση Σχολής, Πρυτανικό Συμβούλιο, Υπουργεία) να μεταφέρονται προς υλοποίηση στις Διοικήσεις των Πανεπιστημιακών Δασών.

Στην Κεντρική Διοίκηση για το έργο της διοίκησης, οικονομικής διαχείρισης και εποπτείας των δύο δασών, συνολικά προβλέπεται να εργάζονται τέσσερα μόνιμα άτομα, σε αντίστοιχες διοικητικές θέσεις:

1) του Διευθυντή

2) της Γραμματείας του Διοικητικού Συμβουλίου

3) της Οικονομικής Διαχείρησης και

4) του Πρωτοκόλλου

Στο Δασαρχείο Περτουλίου για το έργο της διοίκησης, οικονομικής διαχείρισης και προστασίας  του δάσους, συνολικά προβλέπεται να εργάζονται επτά μόνιμοι και δύο ιδιωτικού δικαίου υπάλληλοι, στις αντίστοιχες θέσεις:

1) του ΔΑΣΑΡΧΗ

2) της Γραμματείας

3) της Οικονομικής Διαχείρισης

4) των Δασοτεχνικών Έργων

5) της Προστασίας του Δάσους, Φύλαξης Εγκαταστάσεων και Διαχείρισης Φυτωρίων

Για τη διαχείρηση του δάσους πέραν του προσωπικού διοίκησης, εργάζονται άνω των είκοσι (20) ατόμων στις υλοτομίες μέσω των Δασικών Συνεταιρισμών.

Στο Δασαρχείο Ταξιάρχη για το έργο της διοίκησης, οικονομικής διαχείρισης και προστασίας του δάσους, συνολικά προβλέπεται να εργάζονται έξι μόνιμοι και δύο ιδιωτικού δικαίου υπάλληλοι, στις αντίστοιχες θέσεις:

1) του ΔΑΣΑΡΧΗ

2) της Γραμματείας

3) της Οικονομικής Διαχείρισης

4) των Δασοτεχνικών Έργων

5) της Προστασίας του Δάσους, Φύλαξης Εγκαταστάσεων και Διαχείρισης Φυτωρίων

Για τη Διαχείριση του δάσους πέραν του προσωπικού διοίκησης, εργάζονται άνω των σαράντα (40) ατόμων στις υλοτομίες μέσω των Δασικών Συνεταιρισμών.