Φυτοκοινωνικά το δάσος Περτουλίου ανήκει στη ζώνη της οξυάς Fagetalia και μάλιστα στον αυξητικό χώρο της συνένωσης Fagion illyricum.  Στην περιοχή του δάσους κυριαρχεί κυρίως η ένωση Abietum Borisii Regis (Ελάτη η υβριδογενής) και τοπικά εμφανίζονται λείψανα των ενώσεων  Abieti-Fagetum. Η ένωση Abietum Borisii Regis παρουσιάζει σημαντικό οικολογικό εύρος και μέσα σ’ αυτή διαμορφώνονται μικρότερες φυτοκοινωνικές ομάδες. Αυτοφυή εκτός από την Abies borisii Regis (Ελάτη η υβριδογενής) βρίσκονται σποραδικά η Οξιά (Fagus moesiaca), η Quercus  cerris-dalechambii, Taxus baccata, Acer optusatum, Ostrya  caprinifolia, Cytisus laburnum, Juniperus communis, Juniperus Foeditissima, Tilia cordata, Salix caprea κ.λπ. Τεχνητά εγκαταστάθηκαν, κατά τις αναδασώσεις που έγιναν, η Μαύρη Πεύκη (Pinus nigra) σε μεγάλη κλίμακα,  η Δασική Πεύκη (Pinus sylvestris) και η Πεύκη η λευκόδερμος (Pinus leucodermis), σε μικρότερη κλίμακα και δοκιμαστικά η  Pinus ponderosa, η Ψευδοτσούγκα (Pseudotsuga menziesii), η Τούγια (Thuja pliccata), η Larix decidua (Eyropaea), το Acer platanoides και Acer pseudoplatanus,  η Sequoia gigantea κ.α.

Σχετικά με τη θήρευση πρόκειται για περιοχή «Ελεγχόμενης Θήρευσης και Καταφύγιο Θηραμάτων». Υπάρχουν πληθυσμοί μεγαλόσωμων θηλαστικών που αποτελούν θηράματα όπως το Ελάφι, το Ζαρκάδι και το Αγριογούρουνο. Επίσης, σημαντικό θηρεύσιμο είδος είναι ο Λαγός και ο Φασιανός. H περιοχή είναι σημαντική και για τα είδη άγριας πανίδας που φιλοξενεί, μιας και είναι ένας από τους σπάνιους βιοτόπους για την καφέ Αρκούδα και το Λύκο. Άλλα σημαντικά είδη θηλαστικών του Περτουλίου που προστατεύονται από την Ελληνική Νομοθεσία είναι η Νυφίτσα, ο Σκίουρος, η Αγριόγατα, η Αλεπού. Το βουνό φιλοξενεί, σημαντικούς πληθυσμούς μεγάλων αρπακτικών, κυρίως γυπών, και έχει χαρακτηριστεί ως «Σημαντική Περιοχή για τα πουλιά». Χαρακτηριστικά είδη είναι το Όρνιο, ο Χρυσαετός, o Aσπροπάρης, το Χρυσογέρακο, ο Γυπαετός, ο Αετομάχος, η Βαλκανοτσικλητάρα, ο Σκουρόβλαχος, ο Βλάχος  και η Δενδροσταρήθρα. Στην περιοχή συναντάμε και ορισμένα προστατευόμενα είδη φιδιών όπως η Οχιά, η Δενδρογαλιά, το Σπιτόφιδο και το Ασινόφιδο τα οποία θεωρούνται απειλούμενα είδη. Άλλα αξιόλογα είδη ερπετών της περιοχής είναι η Πράσινη Σαύρα, η Βαλκανική Πράσινη Σαύρα  και η Κοινή Σαύρα των Τοίχων. Έχει καταγραφεί επίσης η παρουσία τριών ειδών χερσαίων χελωνών και ειδικότερα της Ελληνικής Χελώνας, της Μεσογειακής χελώνας και της Κρασπεδωτής Χελώνας, η οποία είναι είδος ενδημικό της Ελλάδας.

Το κλίμα της περιοχής μπορεί να χαρακτηρισθεί ως μεταβατικό, (Μεσογειακό-Μεσευρωπαϊκό) με πολύομβρο και ψυχρό χειμώνα και σχετικά θερμό και ξηρό καλοκαίρι.  Παρατηρείται μια άνιση κατανομή των μετεωρολογικών κατακρημνισμάτων κατά τη διάρκεια του έτους.  Έτσι ενώ τα κατακρημνίσματα ανέρχονται σε 1213,9 mm βροχής και 328,2 mm χιονιού, κατά τη διάρκεια της βλαστητικής περιόδου πέφτουν (Μάιος-Σεπτέμβριος)  μόνο 298,8 mm βροχής.

Οι συνηθέστεροι άνεμοι στην περιοχή είναι οι ΒΑ και ΝΔ.  Αυτό οφείλεται στο ανάγλυφο του εδάφους.   Έτσι η βαθιά κοιλάδα του «Ασπροποτάμου» συλλέγει του Δ ανέμους και δίνει σ’ αυτούς ΝΔ κατεύθυνση.  Η ίδια κοιλάδα δέχεται τους  Α ανέμους και τους δίδει ΒΔ κατεύθυνση.

Στις εγκαταστάσεις  λειτουργούν δύο μετεωρολογικοί σταθμοί, εκ των οποίων ο ένας είναι πλήρως αυτοματοποιημένος, ο δε άλλος υπάρχει από το έτος 1961 και οι μετεωρολογικές παρατηρήσεις καταγράφονται καθημερινά και στη συνέχεια επεξεργάζονται.

 

Μετεωρολογικές παρατηρήσεις Περίοδος παρατήρησης Ενδείξεις
Μέση θερμοκρασία όλων των ετών 8,9 oC
Μέση μέγιστη θερμοκρασία όλων των ετών 13,6 oC
Μέση ελάχιστη θερμοκρασία όλων των ετών 3,2 oC
Απόλυτη μέγιστη θερμοκρασία Αύγουστος του 1963 35,0 oC
Απόλυτη ελάχιστη θερμοκρασία Ιανουάριος του 1962 -14,8 oC
Μέση ετήσια σχετική υγρασία όλων των ετών 74,7%
Μέσο συνολικό ύψος βροχών όλων των ετών 1542,2 mm