Τα πρώτα κτίρια στο δάσος Περτουλίου κατασκευάσθηκαν το 1940 και περιελάμβαναν ένα κτίριο Διοίκησης (Δασαρχείο) και ένα Δασοφυλάκιο.

Με τον πόλεμο του 1940, αλλά και στη συνέχεια με τον εμφύλιο, τα κτίρια καταστράφηκαν λόγω βομβαρδισμών και η υπηρεσία έπαψε να λειτουργεί.

Με την εκ νέου ίδρυση της Υπηρεσίας το 1951, ως Ταμείο Διοικήσεως και Διαχειρίσεως Πανεπιστημιακών Δασών, ξεκίνησαν να χτίζονται οι πρώτες εγκαταστάσεις σε αρχιτεκτονικά σχέδια του διάσημου αρχιτέκτονα Πικιώνη, καθηγητή του Εθνικού Μετσόβειου Πολυτεχνείου, τα οποία ολοκληρώθηκαν  το 1966. Συνολικά χτίστηκαν 12 διαφορετικά πέτρινα οικήματα.

Το έτος 1991, ξεκίνησε η ανέγερση υπερσύγχρονων κτιρίων από το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο, παρακείμενα του Ησυχαστηρίου με πιστώσεις της Ευρωπαϊκής Ένωσης.

Στη συνολική υποδομή υπάρχουν κοιτώνες για τη διαμονή των φοιτητών, του διδακτικού προσωπικού, των υπαλλήλων, εστιατόριο, διοικητήριο, αποθηκευτικοί χώροι και ένα πριστήριο ξυλείας. Τα νεότερα χρόνια εγκαταστάθηκαν έξι λυόμενα ξύλινα κτίρια για τη στέγαση των υπαλλήλων και των φοιτητών.