Η Αυτοτελής Διεύθυνση Διαχείρισης Πανεπιστημιακών Δασών είναι οργανωμένη σε τρεις διοικητικές μονάδες. Την Αυτοτελή Διεύθυνση με έδρα την Θεσσαλονίκη και τις δύο Υποδιευθύνσεις των Πανεπιστημιακών Δασών (Περτουλίου και Ταξιάρχη).
Η Αυτοτελής Διεύθυνση διοικεί και οργανώνει τα δύο Πανεπιστημιακά Δάση (Περτουλίου και Ταξιάρχη). Επιπλέον, μεριμνά όπως όλες οι αποφάσεις των οργάνων διοίκησης να μεταφέρονται προς υλοποίηση στις Διοικήσεις των Πανεπιστημιακών Δασών.
Στην Αυτοτελή Διεύθυνση Διαχείρισης Πανεπιστημιακών Δασών για το έργο της διοίκησης, οικονομικής διαχείρισης και εποπτείας των δύο δασών, συνολικά προβλέπεται να εργάζονται έξι μόνιμοι υπάλληλοι, σε αντίστοιχες θέσεις:
Στο Δασαρχείο Περτουλίου για το έργο της διοίκησης, διαχείρισης και προστασίας του δάσους, συνολικά προβλέπεται να εργάζονται επτά μόνιμοι και δύο ιδιωτικού δικαίου υπάλληλοι, στις αντίστοιχες θέσεις:
Για τη διαχείριση του δάσους πέραν του προσωπικού διοίκησης, εργάζονται άνω των είκοσι πέντε (25) ατόμων στις υλοτομίες μέσω των τοπικών Δασικών Συνεταιρισμών.
Στο Δασαρχείο Ταξιάρχη για το έργο της διοίκησης, διαχείρισης και προστασίας του δάσους, συνολικά προβλέπεται να εργάζονται έξι μόνιμοι και δύο ιδιωτικού δικαίου υπάλληλοι, στις αντίστοιχες θέσεις:
Για τη Διαχείριση του δάσους πέραν του προσωπικού διοίκησης, εργάζονται άνω των είκοσι (20) ατόμων στις υλοτομίες μέσω των τοπικών Δασικών Συνεταιρισμών
